Felipe Calderón sinh ra tại Morelia, Michoacán. Ông là người nhỏ tuổi nhất trong số năm anh em trai, mẹ của ông là Carmen Hinojosa Calderón còn cha của ông là Luis Calderón Vega.

Cha ông là đồng sáng lập viên của Đảng Hành động Quốc gia và là một nhân vật chính trị quan trọng. Luis Calderón Vega đã nắm giữ các vị trí trong nhà nước và từng có một nghiệm kì là nghị sĩ liên bang. Luis Calderón Vega đã dành phần lớn cuộc của mình để cống hiến cho đảng và dành hầu hết thời gian rảnh để thúc đẩy sự phát triển của PAN. Felipe Calderón đã hoạt động trong các chiến dịch của cha ông. Là một câu bé, ông đã phân phát tờ rơi cho đảng, đi trên các xe chiến dịch của PAN và hô vang khẩu hiệu tại buổi tập hợp.[2]

Sau khi lớn lên ở Morelia, Felipe Calderón chuyển đến Thành phố Mexico, nơi ông nhận bằng cử nhân luật từ Trường Luật Tự do (Escuela Libre de Derecho). Sau đó, ông nhận được bằng thạc sĩ kinh tế của Học viện Công nghệ Tự trị Mexico (Instituto Tecnológico Autónomo de México, ITAM) và bằng thạc sĩ hành chính công cộng vào năm 2000 của Trường Chính phủ John F. Kennedy thuộc Đại học Harvard.[3]

Theo gương cha mình, ông gia nhập Đảng Hành động Quốc gia. Khi tham gia các hoạt động của Đảng, ông đã gặp phu nhân hiện tại của mình là Margarita Zavala, bà là một nghị sĩ liên bang trong quốc hội. Họ có ba người con là María, Luis Felipe và Juan Pablo. Calderon là tín đồ Công giáo La Mã.[4]